生物修复技术有着其他方法无法比拟的优点，但也有其自身的局限性，主要表现在以下几个方面。

(1)微生物不能降解所有进入环境的污染物，由于污染物的难降解性、不溶性以及与土壤腐殖质或泥土结合在一起，常常使生物修复不能进行。

(2)这一技术在应用时要对污染地点和存在的污染物进行详细考察，如在一些低渗透的土壤中可能不宜使用生物修复，因为这类土壤或在这类土壤中的注水井会由于细菌生长过多而阻塞。

(3)特定的微生物只降解特定类型的化学物质，状态稍有变化的化合物就可能不会被同一微生物酶所破坏。

(4)这一技术受各种环境因素的影响较大，因为微生物活性受温度、氧气、水分、pH值等环境条件变化的影响。与物理法、化学法相比，这一技术治理污染土壤的时间相对较长。

(5)有些情况下，生物修复不能将污染物全部去除，当污染物浓度太低，不足以维持降解细菌的群落时，残余的污染物就会留在土壤中。正式这些局限性的存在，使得土壤修复必须要遵循一定的原则：(1)适合的微生物是指具有生理和代谢能力并能降解污染物的细菌和真菌。在许多情况下，修复位点处就有降解微生物存在，如果在反应器内处理高浓度有毒污染物，则需要加入外源微生物。(2)适合的地点是指要有污染物和合适的微生物相接触的地点，如在表层土壤中存在的降解苯微生物是无法降解位于蓄水层中的苯系污染物，只有抽取污染水到地面在地上生物反应器内处理，或将合适的微生物引入污染的蓄水层中处理。(3)适合的环境条件是指要控制或改变环境条件，使微生物的代谢和生长活动处于最佳状态。环境因子包括温度、无机营养盐(主要是氮和磷)、电子受体(氧气、硝酸盐和硫酸盐)和pH值等。尽管生物修复技术多种多样，生物修复的地点千差万别，但上述的3个原则，确实所有生物修复技术都需要遵循的原则。